Penemuan Virus Misterius di Brasil, Genomnya Masih Asing

yaravirus microscope

Paulo V. M. Boratto et al. 2020

Dengan hampir 5.000 spesies saat ini yang tercatat, virus ada di mana-mana, di Bumi manusia ini. Dari dasar lautan ke darah manusia melalui atmosfer, agen infeksi akaryotik ini dapat mengadopsi struktur yang sangat sederhana dan juga sangat kompleks; dengan demikian, ahli virologi telah mempelajarinya selama bertahun-tahun, lebih banyak dan lebih fokus pada genom virus. Dan baru-baru ini, tim peneliti menemukan virus yang genomnya tidak seperti genom virus lain yang dikenal.

Yaravirus, dinamai Yara – atau Iara, seorang tokoh ratu air dalam mitologi Brasil -, ditemukan dari Danau Pampulha, sebuah danau buatan di kota Brasil, Belo Horizonte. Yaravirus (Yaravirus brasiliensis) adalah garis baru virus amuba dengan asal dan filogeni yang membingungkan, menurut tim peneliti.

Namun, ahli virologi Bernard La Scola dari Universitas Aix-Marseille di Prancis dan Jônatas S. Abrahão dari Universitas Federal Brazil Minas Gerais, bukanlah pemula. Dua tahun lalu, keduanya membantu menemukan kebaruan virus akuatik lainnya: Tupanvirus, virus raksasa yang berpotensi ditemukan di habitat perairan ekstrem.

Virus raksasa: mereka dapat melakukan tugas biologis yang kompleks

Virus raksasa, tidak seperti varietas biasa, disebut demikian karena kapsidnya yang sangat besar (cangkang protein yang merangkum virion). Bentuk virus yang jauh lebih besar ini baru ditemukan abad ini, tetapi virus ini tidak hanya luar biasa untuk ukurannya. Virus ini juga memiliki genom yang lebih kompleks, memberi kemampuan untuk mensintesis protein, dan karenanya melakukan tugas-tugas kompleks seperti perbaikan DNA, serta replikasi, transkripsi, dan terjemahan DNA.

Sebelum penemuan ini, diperkirakan bahwa virus tidak dapat melakukan hal-hal seperti itu, dianggap sebagai entitas yang relatif lembam dan tidak hidup, hanya mampu menginfeksi host mereka. Kita sekarang tahu bahwa virus jauh lebih kompleks daripada yang diyakini sebelumnya, dan dalam beberapa tahun terakhir para ilmuwan telah menemukan jenis bentuk virus lain yang juga menantang pemikiran kita tentang bagaimana virus dapat menyebar dan beroperasi. Penemuan baru, Yaravirus, tampaknya bukan virus raksasa, terdiri dari partikel kecil berukuran 80 nm.

cycle yaravirus

Gambar mikroskop elektron transmisi Yaravirus (A) dan siklus infeksinya (B, C, D, E). Foto: Paulo V. M. Boratto et al. 2020

Yaravirus: virus genom yang hampir sepenuhnya baru
Tapi yang luar biasa adalah betapa unik genomnya. “Virus amuba yang paling dikenal telah terlihat berbagi banyak fitur yang pada akhirnya mendorong peneliti untuk mengklasifikasikannya menjadi kelompok yang berkembang secara umum. Berlawanan dengan apa yang diamati pada virus lain yang diisolasi dari amuba, Yaravirus tidak diwakili oleh ukuran raksasa dan genom kompleks, tetapi pada saat yang sama membawa sejumlah besar gen yang tidak dijelaskan sebelumnya “, tulis penelitinya.

genome yaravirus

Representasi melingkar genom Yaravirus. Hanya enam gen (panah merah) secara total identik dengan gen virus yang diketahui. Foto: Paulo V. M. Boratto et al. 2020

Dalam penyelidikan, para peneliti menemukan bahwa lebih dari 90% gen untuk Yaravirus belum pernah dideskripsikan sebelumnya, membentuk apa yang disebut gen yatim (ORFans). Hanya enam gen yang ditemukan jauh mirip dengan gen virus yang diketahui yang didokumentasikan dalam database ilmiah publik, dan pencarian di antara lebih dari 8.500 metagenom yang tersedia untuk umum tidak memberikan petunjuk tentang apa yang Yaravirus dapat terkait dengan erat.

Virus raksasa dengan bentuk virus yang lebih kecil?
“Dengan menggunakan protokol standar, analisis genetik pertama kami tidak dapat menemukan urutan kapsid yang dapat dikenali atau gen virus konvensional lainnya di Yaravirus. Menurut protokol metagenomik saat ini untuk deteksi virus, Yaravirus bahkan tidak akan diakui sebagai agen virus ”.

Adapun apa sebenarnya Yaravirus, para peneliti hanya dapat berspekulasi untuk saat ini, tetapi menyarankan bahwa itu bisa menjadi kasus terisolasi pertama dari kelompok virus amuba yang tidak diketahui, atau berpotensi dari jenis yang jauh virus raksasa yang bisa berevolusi menjadi bentuk tereduksi.

You may also like...